对一个网站做渗透测试，需要把常见的漏洞都测一遍吗？

如果是授权的黑盒测试，尽量多找漏洞，不需要全部都挖出来，但是需要尽量找，因为一般一个网站不可能只有一个漏洞，找到之后写一份评估报告

工具自动化渗透测试扫描不出来的漏洞?

缓冲区漏洞。

通用漏洞主要指操作系统本身或者安装的应用软件所存在的漏洞，通常是指缓冲区漏洞。